Perkahwinan pertama Maharaja Frederick dengan Adelheid dari Vohburg tidak mempunyai zuriat dan dibatalkan.[3]

Daripada perkahwinan kedua beliau dengan Beatrice dari Burgundy,[3] beliau mempunyai anak-anak seperti berikut:

1. Beatrice (1162–1174). Baginda ditunangkan Raja William II dari Sicily namun mangkat sebelum patik-patik tersebut dapat berkahwin.
2. Frederick V, Duke dari Swabia (Pavia, 16 Julai 1164 – 28 November 1170).
3. Henry VI, Maharaja Suci Rom (Nijmegen, November 1165 – Messina, 28 September 1197).[3]
4. Conrad (Modigliana, Februari 1167 – Acre, 20 Januari 1191), kemudian dinamakan Frederick VI, Duke dari Swabia setelah kemangkatan kakanda baginda.[3]
5. Gisela (Oktober/November 1168 – 1184).
6. Otto I, Count dari Burgundy (Jun/Julai 1170 – terbunuh, Besançon, 13 Januari 1200).[3]
7. Conrad II, Duke dari Swabia dan Rothenburg (Februari/Mac 1172 – terbunuh, Durlach, 15 Ogos 1196).[3]
8. Renaud (Oktober/November 1173 – dalam buaian).
9. William (Jun/Julai 1176 – dalam buaian).
10. Philip dari Swabia (Ogos 1177 – terbunuh, Bamberg, 21 Jun 1208) Raja Jerman pada tahun 1198.[3]
11. Agnes (1181 – 8 Oktober 1184). Baginda ditunangkan Raja Emeric dari Hungary namun mangkat sebelum patik-patik tersebut dapat berkahwin.